I modelli di omologia possono anche essere usati per identificare sottili differenze tra proteine correlate che non sono state tutte risolte strutturalmente . Ad esempio, il metodo è stato utilizzato per identificare i siti di legame dei cationi sulla Na+/K+ ATPasi e per proporre ipotesi sull'affinità di legame di diverse ATPasi.
A cosa servono i modelli di omologia?
La modellazione dell'omologia è uno dei metodi di previsione della struttura computazionale usati per determinare la struttura 3D delle proteine dalla sua sequenza di amminoacidi. È considerato il più accurato dei metodi di previsione della struttura computazionale. Consiste in più passaggi semplici e facili da applicare.
Cos'è la modellazione dell'omologia e perché è necessaria?
La modellazione dell'omologia ottiene la struttura tridimensionale di una proteina bersaglio in base alla somiglianza tra le sequenze modello e bersaglio e questa tecnica si rivela efficace quando si tratta di studiare le proteine di membrana che sono difficili da cristallizzare come GPCR in quanto fornisce un più alto grado di comprensione di …
Come si crea un modello di omologia?
Ci sono diversi passaggi coinvolti nella modellazione dell'omologia
- selezione del modello utilizzando la sequenza di destinazione. A questo scopo è possibile eseguire la ricerca BLASTp su tutte le strutture proteiche disponibili (PDB). …
- Allineamento del modello e della sequenza target. …
- Qualità del tuo modello. …
- Perfezionamentodel tuo modello di conseguenza.
Cosa rende una buona modellazione di omologia?
Se definiamo un "modello di omologia di grande successo" come uno che ha <=2 Å rmsd dalla struttura empirica, allora il modello deve avere >=60% di identità di sequenza con l'obiettivo per un successo tasso >70%. Anche con identità di sequenza elevate (60%-95%), fino a un modello di omologia su dieci ha un rmsd >5 Å vs.
