Metodi basati sulla cattura della conformazione cromosomica (3C) rivelano l'organizzazione cromosomica all'interno del nucleo determinando la vicinanza fisica di coppie di punti lungo la cromatina. Preservano le interazioni della cromatina mediante reticolazione seguita da frammentazione, legatura e sequenziamento delle regioni interagenti.
Come funziona la cattura della conformazione cromosomica?
Cattura su chip della conformazione cromosomica (4C) cattura le interazioni tra un locus e tutti gli altri loci genomici. Implica una seconda fase di legatura, per creare frammenti di DNA auto-circolarizzati, che vengono utilizzati per eseguire la PCR inversa. … Su un singolo microarray è possibile analizzare circa un milione di interazioni.
Cos'è la cattura della conformazione della cromatina?
La cattura della conformazione della cromatina (3C) è un'importante tecnica utilizzata per studiare la struttura della cromatina, nonché la base per diverse altre tecniche derivate. … Il protocollo prevede la reticolazione delle cellule con formaldeide seguita dall'isolamento della cromatina e dalla digestione con un enzima di restrizione.
Come funziona il sequenziamento Hi-C?
L'approccio Hi-C estende 3C-Seq per mappare i contatti della cromatina in tutto il genoma, ed è stato anche applicato allo studio delle interazioni della cromatina in situ. In questo metodo, i complessi DNA-proteina sono reticolati con formaldeide. Il campione viene frammentato e il DNA viene estratto, ligato e digerito con enzimi di restrizione.
Cos'è la tecnica Hi-C?
La tecnica classica Hi-C prevede digestione di restrizione di un genoma reticolato di formaldeide con enzimi di restrizione specifici della sequenza, seguita da riempimento e riparazione delle estremità digerite con l'incorporazione di nucleotidi legati alla biotina. Le estremità riparate vengono quindi rilegate.
